Tuy nhiên, chủ đầu tư cần gửi các hồ sơ liên quan đến cơ quan quản lý hoạt động xây dựng tại địa phương trước khi khởi công xây dựng công trình.
Theo Bộ Xây dựng, việc đầu tư xây dựng trụ sở mới thuộc thẩm quyền quyết định đầu tư của Bộ GTVT. Do hình thức đầu tư là mua bán trụ sở, nên GTVT ủy quyền thực hiện lập, phê duyệt dự án đầu tư xây dựng cho Công ty CP Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành (Công ty Hợp Thành).
Trụ sở hiện nay của Bộ GTVT nằm trên khu đất vàng 80 Trần Hưng Đạo.
Gần đây, phương án kiến trúc mặt đứng và mặt bằng đã được Bộ GTVT phê duyệt. Bên cạnh đó, Bộ cũng góp ý về thiết kế cơ sở của công trình. Cục Quản lý hoạt động xây dựng - Bộ Xây dựng đã thẩm tra thiết kế kỹ thuật của công trình. Bộ Tài chính đã có văn bản về việc thỏa thuận tiêu chuẩn, định mức trụ sở làm việc của Bộ GTVT.
Trước đó, Bộ GTVT đã ký kết hợp đồng mua bán trụ sở làm việc với Công ty Hợp Thành, giao cho Công ty này làm chủ đầu tư. Chủ đầu tư sẽ tự ứng trước nguồn vốn thực hiện dự án và được hoàn trả bằng nguồn chuyển nhượng tài sản trên đất và quyền sử dụng đất do Bộ này đang quản lý. Dự kiến, quận Nam Từ Liêm (Hà Nội) sẽ là địa điểm đặt trụ sở mới của Bộ Giao thông Vận tải ở Mỹ Đình.
Thủ tướng đã phê duyệt chủ trương đầu tư dự án đầu tư xây dựng trụ sở mới của Bộ GTVT với các nội dung: Đồng ý về nguyên tắc trong việc chuyển đổi hình thức đầu tư trụ sở làm việc từ hình thức xây dựng - chuyển giao sang mua bán trụ sở làm việc. Đồng ý để Bộ được bán chỉ định tài sản trên đất và quyền sử dụng đất tại khu đất vàng 80 Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm (Hà Nội) để lấy kinh phí đầu tư trụ sở mới.
